オリジンサーバにCache-Controlヘッダ等が設定されている場合に、ImageFlux側でキャッシュオフの設定はできますか

ImageFlux 側ではキャッシュオフ設定を行えません。
オリジンサーバで Cache-Control: no-store とキャッシュしないよう設定してください。